获得库·丘林帮助后，由库·丘林拖住卫宫，而士郎与凛再次来到教堂面对美狄亚。就在士郎与凛即将扛不住美狄亚的攻击时，刚刚和库·丘林对决完毕的卫宫突然出现并再次反水，杀死了美狄亚和葛木宗一郎。
卫宫直言到目前为止的一切都在他的计划之内，他的最终目的是为了杀死士郎。生死关头，远坂凛决定和阿尔托莉雅签订契约，以素质极高的远坂凛作为御主的阿尔托莉雅终于解放了自身强大的力量，直接将卫宫击退。
后来在爱因兹贝伦城堡中，阿尔托莉雅目睹了士郎与卫宫的对决。吉尔伽美什突然出现并解说了圣杯邪恶的本质，阿尔托莉雅决定与士郎和凛一起破坏掉圣杯。远坂凛计划让阿尔托莉雅与吉尔伽美什做最终对决，与此同时他们去破坏圣杯。但是阿尔托莉雅前进的路上却遭遇了正在缓缓消失的佐佐木小次郎，破坏了原本的计划。
阿尔托莉雅击败佐佐木小次郎后，千钧一发之际将士郎从吉尔伽美什手中救下。士郎让阿尔托莉雅先去破坏圣杯，而他自己将独自面对强大的吉尔伽美什。
凛为了拯救间桐慎二而被困在圣杯内，导致阿尔托莉雅无法将圣杯破坏，幸而得到暗中行动的卫宫的帮助，凛和间桐慎二才得以脱困。阿尔托莉雅最终使用强大的宝具「誓约胜利之剑」将圣杯破坏。

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