刘肇深感吏制建设对一个政权的重要性，因而非常重视官吏的选拔任用。据统计，他当政时期，曾四次专门下诏纳贤。刘肇当政时期，在法制上主张宽刑，他任用的掌管刑狱的廷尉陈宠，便是一个富于同情心的仁爱之人，每次断案，都依据经典，而“务从宽恕”。
东汉时期，为了加强中央集权，在宫廷内设置了中常侍、黄门侍郎、大黄门、小黄门等宦官职务。他们负责掌管传达皇帝的号令和诏书，阅览尚书进呈的文书。
在刘肇夺回政权的过程中，中常侍钩盾令郑众直接参与了策划和实施，在论功行赏时，郑众自然是首功。于是，郑众被升迁为大长秋。“长秋”是汉代皇后的宫名，用以名官，称其官署为“长秋寺”。这是皇后近侍官首领，一般由皇帝亲信充任，负责宣达旨意，管理宫中事务。而在进行策勋班赏的过程中，和帝注意到，郑众总是推辞的多，接受的少，这种谦逊仁爱之心，很得刘肇的赞赏。因此，和帝以后便经常同他讨论国家大事，国家一些大政方针的决策便较多地掺杂着宦官的力量，故史书称“宦官用权自此始矣”。

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